Banyak perniagaan menggunakan perisian perakaunan untuk membantu mengautomasikan tugas-tugas perakaunan rutin, untuk menubuhkan kawalan dan membuat laporan kewangan. Dengan pelbagai pakej perisian perakaunan di pasaran, biasanya ada satu yang boleh menandingi kebanyakan keperluan perniagaan, sama ada ia merupakan perbadanan besar atau kepunyaan tunggal. Walaupun perisian perakaunan boleh menjadi penyelamat masa dan membantu memelihara data, terdapat beberapa kekurangan menggunakan perisian perakaunan.
Kehilangan Data atau Perkhidmatan
Apabila perniagaan bergantung kepada perisian perakaunan, sebarang kehilangan perkhidmatan disebabkan oleh kuasa atau gangguan komputer boleh menyebabkan gangguan kerja. Gangguan kerja boleh menghalang input maklumat baru serta menghalang akses kepada maklumat yang disimpan. Di samping itu, jika maklumat tidak disokong dengan betul, gangguan komputer boleh mengakibatkan data kewangan yang hilang.
Maklumat yang salah
Maklumat dalam sistem perakaunan hanya sah seperti maklumat yang dimasukkan ke dalam sistem. Memandangkan kebanyakan sistem perakaunan memerlukan beberapa input manual data, keputusan kewangan mungkin tidak betul kecuali semua data input disemak. Sekiranya terdapat kecenderungan untuk hanya meninjau laporan akhir atau output sistem perakaunan, mungkin sukar untuk mencari maklumat yang salah.
Konfigurasi Sistem
Setiap perniagaan mempunyai aspek unik yang boleh menyebabkan kesulitan apabila ia cuba menyesuaikan pakej perisian perakaunan generik untuk keperluannya. Walaupun penyesuaian tersedia untuk banyak program, ia boleh menyebabkan downtime dan potensi ketidaktepatan jika tidak dilakukan dengan betul. Juga, apabila perniagaan berkembang, mungkin ada keperluan untuk menukar pakej perisian perakaunan; ini boleh menyebabkan gangguan yang besar, kerana maklumat mesti dipindahkan dan latihan baru diperlukan untuk kakitangan.
Kos
Kelemahan perisian perakaunan adalah kos yang terlibat. Di luar pengeluaran awal untuk membeli perisian ada biaya penyelenggaraan, penyesuaian, latihan dan perkakasan komputer. Walaupun simpanan masa boleh membenarkan kos, untuk sesetengah perniagaan, ia mungkin mengambil masa beberapa tahun sebelum pelaburan perisian perakaunan membayar untuk dirinya sendiri.
Penipuan
Maklumat yang disimpan secara elektronik boleh dimanipulasi dan diakses jika kawalan yang betul dan langkah keselamatan tidak disediakan. Kawalan ketat diperlukan untuk memastikan hanya kakitangan yang diberi kuasa menggunakan perisian perakaunan dan mempunyai akses kepada laporan. Oleh kerana data kewangan boleh menjadi sensitif dan sulit, menggunakan perisian perakaunan mencipta potensi penipuan.
