Struktur organisasi menentukan bagaimana pekerja dan pengurusan berkomunikasi dalam sesebuah agensi. Sama seperti perniagaan dalam sektor swasta menggunakan struktur organisasi mereka untuk mencapai matlamat produktiviti dan keuntungan mereka, agensi dalam sektor awam menggunakan struktur organisasi untuk mencapai tugas mereka demi kebaikan semua warganegara. Agensi sektor awam bergantung pada definisi peranan yang ketat dalam struktur organisasi untuk menjalankan misi mereka.
Struktur Menegak
Majoriti agensi kerajaan di setiap peringkat menggunakan struktur menegak.Struktur organisasi menegak ditakrifkan dengan mempunyai pengarah atau ketua jabatan di bahagian atas, dengan beberapa pengurus pertengahan dan kedudukan lebih rendah lagi. Ketua-ketua jabatan menetapkan prosedur operasi, pengurus pertengahan membuat rancangan untuk melaksanakan prosedur tersebut, dan pekerja tingkat bawah menjalankan tugas-tugas yang diperlukan. Walaupun pelbagai cabang perkhidmatan tentera berdiri sebagai contoh utama struktur menegak, banyak agensi awam juga menggunakan kaedah ini.
Struktur mendatar
Walaupun struktur menegak memberi tumpuan kepada hirarki, struktur melintang menggunakan tetapan yang lebih sama. Struktur mendatar menggunakan lapisan yang lebih sedikit antara pengurusan dan buruh dan membolehkan komunikasi lebih terbuka antara lapisan tersebut. Walaupun jarang dilihat pada peringkat tertinggi kerajaan, struktur mendatar sering digunakan dalam agensi dengan bidang kuasa yang lebih kecil, anggaran yang lebih rendah dan pekerja yang lebih sedikit. Sebagai contoh, pengarah sebuah jabatan kesihatan tempatan boleh menggunakan struktur mendatar untuk berkomunikasi secara langsung kepada pemeriksa dan pekerja lain daripada menggunakan pengurus pertengahan.
Struktur Bahagian
Struktur bahagian memisahkan pekerja dengan kepakaran pekerjaan atau geografi. Setiap jabatan mengawasi operasi sendiri dengan input minimum dari jabatan lain. Contohnya, di peringkat persekutuan, Jabatan Negara mengendalikan urusan luar negeri. Di dalam Jabatan Negara adalah bahagian yang menangani hal ehwal yang berkaitan dengan pertumbuhan ekonomi, hal ehwal politik, kawalan senjata dan hak asasi manusia.
Struktur Matriks
Struktur organisasi matriks menggunakan sistem di mana hubungan antara pekerja dan pengurusan ditubuhkan sebagai grid atau matriks - bukannya dalam hierarki konvensional. Struktur matriks membolehkan agensi-agensi dengan tugas yang bertindih untuk berkomunikasi dengan satu sama lain, tetapi ia juga boleh menyebabkan percambahan usaha. Sebagai contoh, Direktorat Sains dan Teknologi, satu bahagian Jabatan Keselamatan Dalam Negeri, menggunakan struktur matriks untuk menyelaraskan usaha balas keganasannya.